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閉鎖性水域の一つである湖沼の水質汚濁への対策として、1984年に湖沼水質保全特別措置法が制定され、水質環境基準の確保が緊要な指定湖沼において、下水道整備等の水質保全に資する事業と各種汚染源に対するきめ細かな規制等の措置を総合的かつ計画的に推進することとなり、都市生活型公害へも制度的対応が始まることとなった。

　湖沼水質保全特別措置法の概要は、次のとおりである。
　・国は、湖沼の水質の保全に関する基本的構想等を内容とする湖沼水質保全基本方針を定める。
　・内閣総理大臣は、水質の保全に関する施策を総合的に講ずる必要がある湖沼を指定湖沼として、指定湖沼の水質の汚濁に関係のある地域を指定地域として定める。
　・都道府県知事は、湖沼水質保全基本方針に基づき、指定湖沼ごとに、湖沼の水質の保全に関する方針、下水道の整備その他の湖沼の水質の保全に資する事業に関すること等を内容とする湖沼水質保全計画を定める。
　・指定湖沼の水質の保全に関し、次のような特別の措置が講じられる。
　その一は、指定地域内の工場または事業場に係る排出水の排出の規制である。従来の濃度規制の他、都道府県知事は、指定地域内の工場または事業場について、排出水に関する汚濁負荷量の規制基準を定め、水質汚濁防止法の特定施設等の新増設に係る排出水がこの規制基準に適合しないと認めるときは、改善その他必要な措置をとるべきことを命じることができる。
　その二は、みなし特定施設に係る排出水の排出の規制である。一定規模以下の浄化槽等、湖沼の水質にとって生活環境に係る被害を生ずるおそれのある汚水等を排出する施設として政令で定める施設を水質汚濁防止法の特定施設とみなし、同法の規定を適用する。
　その三は、指定施設の設置の届出等である。一定規模以下の畜舎等、排水基準による規制により難いものとして政令で定める指定施設を設置しようとしている者等について、届出の制度を設けるとともに、都道府県知事は、その者が構造等の基準を遵守していないと認めるときは、改善の勧告、さらには、命令をすることができる。
　その四は、汚濁負荷量の削減である。人口及び産業の集中等のため、排水規制等によっては水質環境基準の確保が困難な指定湖沼については、汚濁負荷量の総量を削減するための措置を講じる。
　その五は、指定湖沼の水質の保全に資するよう、緑地の保全その他湖辺の自然環境の保護に努めなければならないことである。
・以上の他、湖沼の水質の保全を図るために必要な指導、援助、関係行政機関の協力等について所要の規定を設けている。